教育関連
- 筑波大学ライフイノベーション学位プログラム
- 研究分野：バイオインフォマティクス・情報統合（桝屋啓志：筑波大学グローバル教育院 教授（協働大学院））
https://tlsi.tsukuba.ac.jp/education/education1/
外部資金等
- 情報・システム研究機構 ROIS-DS-JOINT（一般共同研究）(2024)
- 「疾患モデルマウス系統のゲノムアセンブル情報高度化とゲノムアノテーション」（代表・高田）
「哺乳類表現型語彙の日本語整備とオントロジーアライメントおよびそれを活用したバイオリソース検索システムの構築」（代表・櫛田）
https://ds.rois.ac.jp/article/2024_rois-ds-joint_result - 科学技術振興機構 戦略的創造研究推進事業（CREST）
- 戦略目標：『バイオＤＸ』による科学的発見の追究
研究領域：データ駆動・ＡＩ駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新
多種生命システムの安定化と機能最適化を実現する融合科学の創生（分担・鈴木）
https://www.jst.go.jp/kisoken/crest/application/2023/230919/230919crest.pdf - 日本医療研究開発機構「革新的先端研究開発支援事業ステップタイプ（FORCE）」
- 「腸内細菌叢由来因子による肝がん微小環境の形成メカニズムの解明と予後予測・予防・治療への応用」（分担・鈴木）
https://www.amed.go.jp/koubo/16/02/1602C_00025.html - 日本医療研究開発機構「次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業（腸内マイクロバイオーム制御による次世代創薬技術の開発）」
- 「1粒子遺伝子解析に基づいたin vivo膜小胞産生細菌のハイスループット特定技術の開発と生菌製剤応用基盤の構築」（分担・高野）
https://www.amed.go.jp/koubo/11/01/1101C_00012.html - 日本医療研究開発機構「再生・細胞医療・遺伝子治療実現加速化プログラム（疾患特異的iPS細胞を用いた病態解明・創薬研究課題）」
- 疾患特異的iPS細胞の樹立・特性解析・加工の高度化・効率化・情報公開（分担・桝屋）
https://www.amed.go.jp/koubo/13/01/1301C_00027.htmll - 統合化推進プログラム
- 細胞ごとの多様な活性やゲノム変異・多型との関連を探索できるシスエレメント・データベースの開発（分担・桝屋）
https://biosciencedbc.jp/news/20220401-03.html - 科学研究費 若手研究
- 遺伝子水平伝播に寄与する細菌膜小胞のカタログ化技術の確立（代表・高野）
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-24K17823/ - COVID-19重症化リスク低減のためのオントロジーに基づく知識統合とその応用（代表・山縣）
https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-22K17959/ - 科学研究費 基盤研究（C)（一般）
- 実験動物マウスの系統特異的な可動遺伝因子の挙動と疾患発症の連関解析（代表・高田）
https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-22K06061/ - 科学研究費 基盤研究（B）（一般）
- シミュレーションデータの深層学習による生態系レジームシフト予兆シグナルの開発（分担・鈴木）
https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-24K03127/ - 検出誤差に対して頑健な環境DNAメタバーコーディングの進展（分担・鈴木）
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23H02240/ - 理研オープンライフサイエンスプラットフォーム
- 分子から個体レベルに及ぶ多階層かつ異なる測定法によるマルチモーダルなデータを集積・統合し、データ主導的に細胞や個体の状態の精緻な予測や操作を可能にする、オープンビッグデータ時代の解析基盤（プラットフォーム）を目指します
https://olsp.riken.jp
その他連携プロジェクト
- INtegrated TRAnscriptional REgulation Data platform (INTRARED)
- https://www.intrared.org
- Mammalian Phenotype Ontology (MP) 日本語訳プロジェクト（DBCLS）
- https://github.com/dbcls/MP_Japanse/tree/main
- 理研メタデータベース
- http://metadb.riken.jp
- Internatioal Mouse Phenotyping Consortium (IMPC)
- http://www.mousephenotype.org
- Asian Mouse Mutagenesis Resource Association (AMMRA)
- http://ammra.info/
- バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）
- https://biosciencedbc.jp
- SPARQLthon
- http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/SPARQLthon
- SPARQL Builder Project / LOD Surfer Project
- http://www.sparqlbuilder.org
https://github.com/dbcls/bh17/wiki/LOD-Surfer - オントロジー構築環境「法造」
- http://www.hozo.jp/index_jp.html
外部資金等（終了分）
- 情報・システム研究機構 ROIS-DS-JOINT（一般共同研究）(2023)
- 「疾患モデルマウス系統のゲノムアセンブル情報高度化とゲノムアノテーション」（代表・高田）
「哺乳類表現型語彙の日本語整備とオントロジーアライメントおよびそれを活用したバイオリソース検索システムの構築」（代表・櫛田）
https://ds.rois.ac.jp/article/2023_rois-ds-joint_result - ムーンショット型農林水産研究開発事業
- 食料供給の拡大と地球環境保全を両立する食料生産システム
土壌微生物叢アトラスに基づいた環境制御による循環型協生農業プラットフォーム構築（栽培マネジメント）
https://www.naro.go.jp/laboratory/brain/moon_shot/index.html - 情報・システム研究機構 ROIS-DS-JOINT（一般共同研究）(2022)
- 疾患モデルマウス系統のゲノムアセンブル情報高度化とゲノムアノテーション（代表・高田）
- 情報・システム研究機構 ROIS-DS-JOINT（一般共同研究）(2020-2022)
- 希少・難治性疾患のゲノム医療推進に資する情報基盤の高度化とその応用（代表・櫛田）
- 科学研究費 基盤研究（C）（一般）(2020-2022)
- エネルギーランドスケープを利用した生物群集大規模変動の前兆検知（代表・鈴木）
https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-20K06820/ - 科学研究費 基盤研究（B）（一般）(2020-2022)
- 広域環境変動下での生物群集レジリエンス評価・予測に関する研究（分担）
https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-20H03010/ - 戦略的イノベーション創造プログラム（スマートバイオ産業・農業基盤技術）(2018-2022)
- バイオ・デジタル融合イノベーションを創出する研究開発基盤の構築 (1)生物情報ビッグデータ・バイオリソースの民間利用の促進（分担）
- 科学研究費 挑戦的研究(萌芽）(2020-2021)
- 生体内分子イベントを指標とした老化要因物質の高速発光判定基盤技術の創成 (分担）
https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-20K21851/ - ナショナルバイオリソースプロジェクト ゲノム情報等整備プログラム(2020)
- 日本産疾患モデルマウス系統の長鎖解読によるゲノム情報整備（代表・高田）
https://nbrp.jp - 科学研究費 基盤研究（B）（海外学術調査）(2019-2020)
- ミャンマー産住家性ネズミ類の系統解析と自然史の統合的理解（分担）
https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-17H04604/ - 国立研究開発法人日本医療研究開発機構・臨床ゲノム情報統合データベース整備事業(2016-2020)
- 真に個別患者の診療に役立ち領域横断的に高い拡張性を有する変異・多型情報データベースの創成（分担）
https://www.amed.go.jp/program/list/04/01/006.html - 文部科学省科学研究費補助金新学術領域研究・「個性」創発脳(2016-2020)
- 計画研究：「個性」を発見するマーカレス表現型記録・マイニングシステムの開発（分担）
http://www.koseisouhatsu.jp - 科学研究費 基盤研究（B）（一般）(2018-2020)
- 老化現象の解明に資する、オープンデータを体系的に利用した知識推論基盤の構築（代表・桝屋）
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18H03298/ - 科学研究費 新学術領域研究「性スペクトラム」(公募)・Y染色体上遺伝子とボディバランスの性スペクトラム (連携）（2018）
- http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/sexspectrum/koubo-project2.html
- 科学研究費 挑戦的萌芽研究(2016-2018)
- 表現形質の異常を高精度に検出可能な手法の開発（代表・田中）
https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-16K14600/ - 北海道大学COI「食と健康の達人」拠点(2018)
- 細菌叢変動予測の実現を目指したAI要素技術の開発に向けた調査研究（分担）
https://www.fmi.hokudai.ac.jp/coi/
